Lizosomy odgrywają kluczową rolę w transporcie wewnątrzkomórkowym.
Szlak endosom-lizosom jest głównym środkiem transportu i wymiany materiałów w komórce. Materiały egzogenne mogą być dostarczane do lizosomów przez endocytozę i fagocytozę. Pęcherzyki powstałe podczas tego procesu przenoszą swoją zawartość do wczesnych endosomów, które są Rab5-dodatnie. Następnie wczesne endosomy stają się Rab7-dodatnie. Podczas tej konwersji, zinternalizowane materiały można zawrócić z powrotem do błony plazmatycznej w recyklingu endosomów, które są Rab11-dodatnie. Tymczasem pozostała zawartość może być przechowywana w pęcherzykach wewnątrz światła światła (ILV) w późnych endosomach, które są również określane jako ciała wielopęcherzykowe (MVB). MVB mogą przemieszczać się do dodatniego końca mikrotubul, za pośrednictwem kinezyny i łączyć się z błoną plazmatyczną, tworząc egzosomy i wydzielając swoje ILV. Alternatywnie, MVB mogą przemieszczać się do ujemnego końca mikrotubul, za pośrednictwem dyneiny i łączyć się z lizosomami w celu degradacji ich ładunku. Wiele czynników uczestniczy w fuzji MVB i pierwotnych lizosomów . Małe GTPazy z rodziny Rab, szczególnie Rab7, mogą sprzyjać powstawaniu kompleksów wiążących (CORVET, HOPS), które pośredniczą w wiązaniu lizosomalnym z endosomami. Po uwięzieniu następuje parowanie R-SNARE (rozpuszczalny receptor białka fuzyjnego wrażliwy na N-etylomaleimid) na błonie lizosomalnej (VAMP7 lub VAMP8) z trzema Q-SNARE na błonie docelowej (syntaksyna-7, VTI1b i syntaksyna-
. Cztery SNARE, zwane również SNAREpin, mogą zbliżyć dwie dwuwarstwy wystarczająco blisko, aby nastąpiła fuzja. Lizosomy mogą również odprowadzać swoją zawartość poza komórkę lub pośredniczyć w naprawie błony przez fuzję z błoną plazmatyczną .